iPhoneアプリのバージョンアップ申請方法についてです。自分のアプリのバージョンアップを行ったので、その時のメモを元にしています。
 

iTunes Connectから「Manage Your Applications」をクリックします。自分のアプリの一覧が表示されるので、バージョンアップしたいアプリをクリック。

「Versions」欄の左側に書いてあるのが今公開されているバージョン(Current Version)です。右側が、次に公開されるバージョン欄。右側に、ファイルを追加する、みたいなボタンがあるのでクリック。

更新点を入力する画面になるので、「What's New in this Version」に、今回のバージョンでの更新点を入力します。複数の言語で公開している場合、各言語の入力が必要です。

入力が終わると、アプリの詳細画面になります。このまま先に進むと、アプリの紹介文などは以前のものと同じになるので、ここで今回のバージョンでの情報を入力します。今回僕は機能を追加したので、スクリーンショットの差し替えを行いました。必要事項を修正して「Ready to Upload Binary」のボタンを押します。

「Has encryption been added, removed or modified since you last uploaded a binary for this product?」 (適当訳;今回のバイナリで、暗号技術を追加したり消したりしましたか?)と聞かれるので、Yes/Noを答える。今回はNoでContinueをクリック。

「Version Release Control」画面になるので、App Storeにアプリが並ぶ日を設定したい場合、ここで設定します。今回はそこにこだわっていないので「Automatically release CheckTrendJ 1.1 once it has been approved 」を選択して「Save Change」をクリック。

「Application Loader」でアプリをアップロードします。Application Loaderは「/Developer/Applications/Utilities/Application Loader.app」か「/Developer/Applications/Utilities」にApplication Loaderがあるはずなので、起動します。

Application Loader起動後のChoose an application画面に先ほど登録したアプリがあるので、選択し、アプリをアップロードします。アップロードするのは、最初にアプリを公開した時と同じように、アプリケーションファイルをzipで固めたものを送って完了です。iTunes Connectの表示が「Waiting For Review」になっているのを確認しましょう。

これで完了です。あとは審査待ちです。